A zenekart 1982-ben alapította cEvin Key (eredeti nevén Kevin Crompton), aki a popegyüttes Images In Vogue dobosaként experimentálisabb hangzásokról álmodozott. Megismerkedett a későbbi frontemberrel, Nivek Ogre-val (eredeti nevén Kevin Ogilvie), akivel hasonló volt az érdeklődése: horrorfilm-rajongók voltak, és az elektronikus zenében is hasonló irányokat kerestek. cEvin hangokkal, hangszerekkel való kísérletezésől született zenéit később "hangszobrászatként" definiálta. 1984-es kazettájuk, a Back and Forth szerzői kiadásban látott napvilágot, de egy szerencsés véletlen folytán cEvin egyik barátja éppen akkoriban indította el Nettwerk nevű lemezkiadóját, így első EP-jük, a Remission is megjelenhetett ugyanebben az évben. Első teljes hosszúságú lemezük, a Bites 1985-ben jelent meg. A kezdetekkor egy Wilhelm Schroeder nevű billentyűs is játszott velük, de az akkor még amatőr szintis soha nem volt a Skinny Puppy teljes jogú tagja, és a következő lemez, a Mind: The Perpetual Intercourse (1986) munkálatai közben el is hagyta a zenekart. Ekkor csatlakozott hozzájuk Dwayne Rudolph Goettel, aki gyakorlott billentyûs volt és hamar a zenekar meghatározó elemévé vált. Ebben a felállásban, kiegészülve Dave 'Rave' Ogilvie producerrel olyan meghatározó lemezeket alkottak, mint a Cleanse Fold And Manipulate (1987), a VIVIsectVI (1988), a Rabies (1989), a Too Dark Park (1990) és a Last Rights (1992). 1986 és 1992 között hat alkalommal (1985-1986-1987-1988-1990-1992) turnézták keresztül Észak-Amerikát és három alkalommal (1986-1987-1988) Európát.
